Problém vyhynutí některých zvířat není v evoluční teorii posledním místem a má v darwinovské výuce prvořadý význam. Počet druhů žijících v současné době zabírá jen zanedbatelnou část z celkového počtu zvířat, která se kdy na planetě objevila (méně než 1%). 99% kategorií konečně vymřelo a má to mnoho důvodů.
Nejvíce náchylní k vyhynutí jsou zvířata nacházející se na jednom nebo více místech v geograficky omezených oblastech. Pokud celá řada prošla lidskou činností, pak druhy žijící v ní mohou zmizet. Přímým důvodem vyhynutí některých druhů zvířat v přírodních podmínkách je pokles jejich počtu pod kritickou úroveň stanovenou zákony populační genetiky. Kritická je úroveň hojnosti, pod níž se zvyšuje možnost úzce souvisejícího křížení, což vede ke snížení genetické rozmanitosti druhů. Výsledkem je, že existuje podíl potomků s vrozenými poruchami, které zvyšují úmrtnost v nových generacích. Druhy, které se vytvořily v důsledku jedné nebo více populací, také rychle vymírají. Jakákoli kategorie může zmizet v důsledku požárů, zemětřesení, nemocí a lidské činnosti. Kategorie s různou populací jsou méně náchylné k vyhynutí. Ve srovnání s malými mají velká zvířata obrovská individuální území. Potřebují hodně jídla a často se stávají kořistí lidí. Velká zvířata jsou náchylnější k vyhlazování, a to nejen proto, že jsou kořistí, ale také proto, že soutěží s lidmi v lovu zvěře, někdy útočí na lidi a hospodářská zvířata. Existují populace zvířat, která se živí velkými plochami. Jsou také náchylní k vyhynutí, pokud je zničena část jejich dosahu. S přirozeným vývojem přírody nutí změny prostředí některé kategorie přizpůsobit se novým podmínkám. Zvířata neschopná adaptace jsou nucena migrovat na vhodná stanoviště. Jinak hrozí jejich vyhynutí. Rychlé tempo rozvoje přírodních zdrojů převyšuje adaptaci a migraci ponechává jako jedinou možnost. Kategorie zvířat, která nemohou přejít pole, silnice a jiná narušená stanoviště, jsou odsouzeny k vyhynutí. Užitkovost byla vždy předpokladem pro vyhynutí vysoce hodnotných druhů zvířat. Nadměrné využívání může drasticky snížit velikost populace. Pokud lov není regulován zákonem, pak mohou být určité druhy zvířat na pokraji vyhynutí.
